Seine Wurzeln hat der Begriff „Naturdenkmal“ in 1819, wo er erstmals von Alexander von Humboldt verwendet wurde. Bei einer venezolanischen Bergbesteigung war er von einem Mimosenbaum derart beeindruckt, dass ihm diese neue Beschreibung würdig erschien. In seiner Beschreibung der Reise, erschien im ersten Band von 1814 der Ausdruck monumens [sic] de la nature, was als Naturdenkmale übersetzt wurde.
Um 1900 verstand man unter einem Naturdenkmal „eine in sich geschlossene Einzelschöpfung der Natur von überragender Bedeutung, in der bestimmte Kräftewirkungen ihren Ausdruck gefunden haben“ (Schoenichen, 1954). Dies wurde vom Botaniker Hugo Conwentz im ersten Band seines forstbotanischen Merkbuchs, mit dem Untertitel „Nachweis der beachtenswerthen [sic] und zu schützenden urwüchsigen Sträucher, Bäume und Bestände im Königreich Preussen“, aufgegriffen. Hierin spricht er in der Einleitung von den „Denkmälern der Natur“. In jener Zeit zählte hierzu auch die Gesamterscheinung von Landschaften und besonders beeindruckende Aussichten (vgl. Eigner, 1905). Der Erhalt bestimmter Naturgebilde als Teil der heimatlichen Eigenart stand im Vordergrund und Ästhetik spielte eine große Rolle. Die erste staatliche Stelle für Naturdenkmalpflege in Preußen wurde bereits im Jahr 1906 in Danzig eingerichtet und der Begriff der Naturdenkmalpflege erstmals in den Namen einer Behörde aufgenommen.
Ab der Romantik lässt sich eine „Bewegung zum Schutze der Natur“ erkennen, welche maßgeblich vom Bürgertum getragen wurde. Das Bewusstsein für den Wert der Natur und ihrer Erhaltung wuchs und Naturdenkmäler wurden zu Symbolen einer intakten und unberührten Natur. Dieser Schutzgedanke manifestierte sich zunächst in der Sicherung besonders markanter Naturerscheinungen. Im Laufe der Zeit verlagerte sich der Fokus zunehmend auf den ökologischen Wert (vgl. Bock, 1991).
Heute sind BaumNaturDenkmale und andere Naturdenkmale nicht nur wegen ihres ästhetischen Werts geschützt, sondern auch aufgrund ihres enormen ökologischen Potenzials. So bieten alte Bäume bekanntermaßen oft einer hohen Anzahl an diversen Organismen einen Lebensraum und tragen so zum Erhalt der Biodiversität bei. Vor allem in städtischen Bereichen, welche massiv von zunehmender Versiegelung durch die Zunahme an Siedlungs- und Verkehrsfläche betroffen sind, dienen sie als Trittsteinbiotop (vgl. Umweltbundesamt, 2021; Uhler, et al. 2021).
In Österreich obliegt der Naturschutz den Bundesländern und der Schutz von Naturdenkmalen wird über die jeweiligen Landesnaturschutzgesetze geregelt. Naturgebilde, besondere Einzelbäume oder Baumgruppen, Felsen, Höhlen und Wasserfälle können wegen ihrer Eigenart, Schönheit, Seltenheit oder ihres besonderen Gepräges, ihrer wissenschaftlichen oder kulturellen Bedeutung von der Bezirksverwaltungsbehörde zu Naturdenkmalen erklärt werden.